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I-TASSER results for job id Rv3524

[Click on result.tar.bz2 to download the tarball file including all modelling results listed on this page]

 Input Sequence in FASTA format
 Predicted Secondary Structure
 Predicted Solvent Accessibility
 Predicted Normalized B-facotr
 Top 10 threading templates used by I-TASSER
 Top 5 final models predicted by I-TASSER

(For each target, I-TASSER simulations generate a large ensemble of structural conformations, called decoys. To select the final models, I-TASSER uses the SPICKER program to cluster all the decoys based on the pair-wise structure similarity, and reports up to five models which corresponds to the five largest structure clusters. The confidence of each model is quantitatively measured by C-score that is calculated based on the significance of threading template alignments and the convergence parameters of the structure assembly simulations. C-score is typically in the range of [-5, 2], where a C-score of higher value signifies a model with a high confidence and vice-versa. TM-score and RMSD are estimated based on C-score and protein length following the correlation observed between these qualities. Since the top 5 models are ranked by the cluster size, it is possible that the lower-rank models have a higher C-score in rare cases. Although the first model has a better quality in most cases, it is also possible that the lower-rank models have a better quality than the higher-rank models as seen in our benchmark tests. If the I-TASSER simulations converge, it is possible to have less than 5 clusters generated. This is usually an indication that the models have a good quality because of the converged simulations.)
 Proteins structureally close to the target in PDB (as identified by TM-align

(After the structure assembly simulation, I-TASSER uses the TM-align structural alignment program to match the first I-TASSER model to all structures in the PDB library. This section reports the top 10 proteins from the PDB that have the closest structural similarity, i.e. the highest TM-score, to the predicted I-TASSER model. Due to the structural similarity, these proteins often have similar function to the target. However, users are encouraged to use the data in the next section 'Predicted function using COACH' to infer the function of the target protein, since COACH has been extensively trained to derive biological functions from multi-source of sequence and structure features which has on average a higher accuracy than the function annotations derived only from the global structure comparison.)
 Predicted function using COACH

(This section reports biological annotations of the target protein by COACH based on the I-TASSER structure prediction. COACH is a meta-server approach that combines multiple function annotation results from the COFACTOR, TM-SITE and S-SITE programs.)
  Ligand binding sites

Rank C-score Cluster
size		 PDB
Hit		 Lig
Name		 Download
Complex		 Ligand Binding Site Residues
10.15 15 2h6qA III Rep, Mult 59,60,61,76,108,124,150,166,207,249,277,318,333,334
20.12 12 4j78A III Rep, Mult 59,61,76,108,147,148,150,166,190,192,207,234,249,318
30.08 7 1p22A III Rep, Mult 61,76,106,108,124,150,165,167,190,192,207,231,232,249,276,291,316,318
40.06 5 2z2pB DOL Rep, Mult 77,291,292,316
50.04 3 4h5jB K Rep, Mult 63,64,110,111,277
60.02 2 2z2pA MG Rep, Mult 115,117,119,175
70.02 2 2z2pA MHT Rep, Mult 207,208,230,232,250
80.01 1 2z2pA DOL Rep, Mult 200,216,217
90.01 1 2z2pA MHT Rep, Mult 67,114
100.01 1 2z2pA UUU Rep, Mult 114,154,156,196,200
110.01 1 3odtA CA Rep, Mult 59,333,336
120.01 1 1a0rB FAR Rep, Mult 316,317,330,332,334,337,339,341
130.01 1 3cfvB III Rep, Mult 252,275,295

Download the all possible binding ligands and detailed prediction summary.
Download the templates clustering results.
(a)C-score is the confidence score of the prediction. C-score ranges [0-1], where a higher score indicates a more reliable prediction.
(b)Cluster size is the total number of templates in a cluster.
(c)Lig Name is name of possible binding ligand. Click the name to view its information in the BioLiP database.
(d)Rep is a single complex structure with the most representative ligand in the cluster, i.e., the one listed in the Lig Name column.
Mult is the complex structures with all potential binding ligands in the cluster.

  Enzyme Commission (EC) numbers and active sites

RankCscoreECPDB
Hit		TM-scoreRMSDaIDENaCovEC NumberActive Site Residues
10.3611rwlA0.5973.400.3480.7172.7.11.1112,161,194,196,214,238,280,321
20.2761cvmA0.6024.040.0920.7583.1.3.8279
30.1443dr2A0.6143.740.1100.7553.1.1.17NA
40.0921madH0.6523.820.0810.8101.4.99.3153,159,175,199,216
50.0831v04A0.6043.880.0960.7523.1.1.2,3.1.8.1NA
60.0812iwaA0.4714.330.0840.6122.3.2.5NA
70.0671pjxA0.6083.530.1070.7383.1.8.2NA
80.0672f10A0.6153.660.0880.7613.2.1.18NA
90.0671vcuB0.6163.750.0870.7703.2.1.18NA
100.0672uvkB0.5734.040.0950.7265.1.3.-153,161,186,192,196,204,236
110.0661a4gA0.6034.060.0680.7733.2.1.18NA
120.0661simA0.5983.880.0570.7493.2.1.18NA
130.0662xcyA0.6103.740.0930.7613.2.1.18NA
140.0602fpcA0.6013.780.1230.7324.3.3.2188
150.0603fw0A0.6403.440.1310.7734.3.2.5153,197,215,238
160.0603fsnB0.6674.350.0760.8725.2.1.7NA
170.0601w6sC0.6883.950.0690.8721.1.99.8116
180.0602d0vA0.7033.730.0730.8691.1.99.8116
190.0603h71B0.6143.850.0830.7703.2.1.18NA
200.0601yiqA0.6754.220.0890.8661.1.99.-284
210.0601kitA0.6384.400.0960.8253.2.1.18NA
220.0602gc7A0.6604.030.0630.8311.4.99.3110,113
230.0602madH0.6563.860.0840.8191.4.99.3NA
240.0601lrwA0.7013.760.0810.8721.1.99.8116
250.0603c75J0.6613.760.0500.8161.4.99.3152
260.0601jofA0.7173.220.0800.8315.5.1.5NA
270.0601kb0A0.6943.830.0830.8721.1.99.-159
280.0601ri6A0.7172.580.0990.7963.1.1.31NA
290.0601sllA0.6314.440.0750.8314.2.2.15172,184,219
300.0602w68C0.2534.970.0480.3533.2.1.18245,248
310.0602h47H0.6683.540.0760.8101.4.99.4154,155,161
320.0602vskC0.6043.950.0800.7583.2.1.18108,119

(a)CscoreEC is the confidence score for the EC number prediction. CscoreEC values range in between [0-1];
where a higher score indicates a more reliable EC number prediction.
(b)TM-score is a measure of global structural similarity between query and template protein.
(c)RMSDa is the RMSD between residues that are structurally aligned by TM-align.
(d)IDENa is the percentage sequence identity in the structurally aligned region.
(e)Cov represents the coverage of global structural alignment and is equal to the number of structurally aligned residues divided
by length of the query protein.

  Gene Ontology (GO) terms

Homologous GO templates in PDB 
RankCscoreGOTM-scoreRMSDaIDENaCovPDB HitAssociated GO Terms
00.380.8321.160.070.852z2oC GO:0000287 GO:0016829 GO:0016835 GO:0017001 GO:0046677 GO:0046872
10.360.8530.920.100.872qc5A GO:0000287 GO:0016835 GO:0017001 GO:0046677
20.320.7582.610.100.854jxmA GO:0003723 GO:0005634 GO:0005654 GO:0005730 GO:0006364 GO:0030529 GO:0031428 GO:0032040 GO:0034511 GO:0044822
30.310.5973.460.340.721rwiA GO:0000166 GO:0004672 GO:0004674 GO:0005524 GO:0005576 GO:0005618 GO:0005829 GO:0005886 GO:0005887 GO:0006468 GO:0009405 GO:0016020 GO:0016021 GO:0016036 GO:0016301 GO:0016310 GO:0016740 GO:0030145 GO:0032091 GO:0043085 GO:0043086 GO:0045717
40.270.7332.440.110.823jb9L GO:0005634 GO:0005681 GO:0005682 GO:0006397 GO:0008380 GO:0045292
50.270.7532.350.080.835a2qg GO:0001649 GO:0001891 GO:0001934 GO:0005080 GO:0005102 GO:0005634 GO:0005737 GO:0005739 GO:0005829 GO:0005886 GO:0005913 GO:0006417 GO:0006915 GO:0006919 GO:0007049 GO:0007275 GO:0007369 GO:0008200 GO:0008656 GO:0010629 GO:0010803 GO:0015935 GO:0016020 GO:0016032 GO:0017148 GO:0019899 GO:0019903 GO:0030178 GO:0030292 GO:0030308 GO:0030335 GO:0030425 GO:0030496 GO:0030822 GO:0030971 GO:0032436 GO:0032464 GO:0032880 GO:0032947 GO:0033137 GO:0035591 GO:0040008 GO:0042169 GO:0042803 GO:0042995 GO:0042998 GO:0043005 GO:0043025 GO:0043065 GO:0043204 GO:0043547 GO:0044297 GO:0044822 GO:0048471 GO:0048511 GO:0050765 GO:0051302 GO:0051343 GO:0051726 GO:0051898 GO:0051901 GO:0061099 GO:0070062 GO:0071333 GO:0071363 GO:0090003 GO:0098609 GO:0098641 GO:1900102 GO:1903208 GO:1990630 GO:2000114 GO:2000304 GO:2000543 GO:2001244
60.240.7342.630.060.834j87A GO:0000139 GO:0005198 GO:0005737 GO:0005794 GO:0006810 GO:0006886 GO:0006888 GO:0006890 GO:0006891 GO:0015031 GO:0016020 GO:0016192 GO:0030117 GO:0030126 GO:0030137
70.230.7342.750.070.853ow8C GO:0005634 GO:0005654 GO:0005737 GO:0006351 GO:0006355 GO:0016055 GO:0016593 GO:0032968 GO:0035327 GO:0045638 GO:0045944 GO:0051571 GO:0055087 GO:0080182 GO:2001162
80.220.6983.350.080.805e6uA GO:0002291 GO:0005886 GO:0006928 GO:0006954 GO:0007155 GO:0007157 GO:0007159 GO:0007160 GO:0007165 GO:0007229 GO:0008305 GO:0009986 GO:0016020 GO:0016021 GO:0016337 GO:0030198 GO:0030369 GO:0032403 GO:0034687 GO:0043113 GO:0046872 GO:0046982 GO:0050776 GO:0050839 GO:0050900 GO:0070062
90.210.6933.090.080.803k6sC GO:0004872 GO:0005886 GO:0007155 GO:0007229 GO:0008305 GO:0009887 GO:0009986 GO:0016020 GO:0016021 GO:0030198 GO:0034113 GO:0046872 GO:0050900 GO:1903955
100.190.6193.600.140.751q7fB GO:0005622 GO:0005737 GO:0006417 GO:0006909 GO:0007400 GO:0007402 GO:0007405 GO:0007406 GO:0007411 GO:0007419 GO:0007420 GO:0008270 GO:0008285 GO:0008356 GO:0008582 GO:0009303 GO:0017148 GO:0022008 GO:0030182 GO:0030371 GO:0035282 GO:0043025 GO:0045179 GO:0045180 GO:0045182 GO:0046872 GO:0048477 GO:0050767 GO:0051726 GO:0055060 GO:1900242
110.150.7382.630.070.843jcrD GO:0000375 GO:0000398 GO:0005634 GO:0005654 GO:0005681 GO:0005682 GO:0005732 GO:0005737 GO:0006396 GO:0006397 GO:0008380 GO:0044822 GO:0071011 GO:0071013
120.150.7852.620.100.883vi3A GO:0001525 GO:0001618 GO:0001726 GO:0005154 GO:0005161 GO:0005178 GO:0005737 GO:0005783 GO:0005794 GO:0005886 GO:0005911 GO:0005925 GO:0007044 GO:0007155 GO:0007157 GO:0007159 GO:0007229 GO:0007613 GO:0008305 GO:0009897 GO:0009986 GO:0010811 GO:0016020 GO:0016021 GO:0016032 GO:0030198 GO:0030335 GO:0030949 GO:0031410 GO:0031589 GO:0032587 GO:0033631 GO:0034113 GO:0035313 GO:0035987 GO:0043184 GO:0045202 GO:0046718 GO:0046872 GO:0050731 GO:0050839 GO:0050900 GO:0071062 GO:1903672 GO:2000811
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150.150.7402.260.080.812hesX GO:0002098 GO:0005634 GO:0005737 GO:0005829 GO:0016226 GO:0044281 GO:0097361
160.150.7502.750.110.852h9lA GO:0000123 GO:0001501 GO:0005622 GO:0005634 GO:0005654 GO:0005671 GO:0006351 GO:0006355 GO:0016568 GO:0018024 GO:0031175 GO:0035064 GO:0035097 GO:0035948 GO:0042800 GO:0043966 GO:0043981 GO:0043982 GO:0043984 GO:0043995 GO:0043996 GO:0044666 GO:0046972 GO:0048188 GO:0051568 GO:0071339
170.150.7442.510.070.831vyhC GO:0000132 GO:0000226 GO:0000235 GO:0000776 GO:0001667 GO:0001675 GO:0001764 GO:0001961 GO:0005634 GO:0005635 GO:0005737 GO:0005813 GO:0005815 GO:0005819 GO:0005829 GO:0005856 GO:0005871 GO:0005874 GO:0005875 GO:0005938 GO:0006629 GO:0006810 GO:0007017 GO:0007049 GO:0007067 GO:0007097 GO:0007268 GO:0007275 GO:0007399 GO:0007405 GO:0007420 GO:0007611 GO:0008017 GO:0008090 GO:0008344 GO:0009306 GO:0010977 GO:0015630 GO:0016020 GO:0016042 GO:0016477 GO:0017145 GO:0019226 GO:0021540 GO:0021766 GO:0021819 GO:0021895 GO:0021987 GO:0030036 GO:0030154 GO:0030424 GO:0030426 GO:0031023 GO:0031252 GO:0031512 GO:0031965 GO:0031982 GO:0032403 GO:0032420 GO:0036035 GO:0040019 GO:0042249 GO:0042803 GO:0043005 GO:0043025 GO:0043087 GO:0043622 GO:0045502 GO:0045505 GO:0045773 GO:0045931 GO:0046329 GO:0047496 GO:0048471 GO:0048854 GO:0050885 GO:0051081 GO:0051130 GO:0051219 GO:0051301 GO:0051660 GO:0051661 GO:0060117 GO:0061003 GO:0070062 GO:0070507 GO:0090102 GO:0090176 GO:1904115 GO:2000574
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(a)CscoreGO is a combined measure for evaluating global and local similarity between query and template protein. It's range is [0-1] and higher values indicate more confident predictions.
(b)TM-score is a measure of global structural similarity between query and template protein.
(c)RMSDa is the RMSD between residues that are structurally aligned by TM-align.
(d)IDENa is the percentage sequence identity in the structurally aligned region.
(e)Cov represents the coverage of global structural alignment and is equal to the number of structurally aligned residues divided by length of the query protein.
(f)The second table shows a consensus GO terms amongst the top scoring templates. The GO-Score associated with each prediction is defined as the average weight of the GO term, where the weights are assigned based on CscoreGO of the template.

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Please cite the following articles when you use the I-TASSER server:
1. J Yang, R Yan, A Roy, D Xu, J Poisson, Y Zhang. The I-TASSER Suite: Protein structure and function prediction. Nature Methods, 12: 7-8, 2015.
2. J Yang, Y Zhang. I-TASSER server: new development for protein structure and function predictions, Nucleic Acids Research, 43: W174-W181, 2015.
3.A Roy, A Kucukural, Y Zhang. I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction. Nature Protocols, 5: 725-738, 2010.
4.Y Zhang. I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics, 9: 40, 2008.